国家出入境检验检疫局于１９９８年在国务院机构改革中组建。国务院在关于国家出入境检验检疫局职能配置、内设机构和人员编制规定中明确规定：①将原由卫生部承担的国境卫生检疫、进口食品卫生监督检验的职能，交给国家出入境检验检疫局。②将原由农业部承担的进出境动植物检疫的职能，交给国家出入境检验检疫局。③将原国家进出口商品检验局承担的进出口商品检验、鉴定和监管的职能，交给国家出入境检验检疫局。
新组建的国家出入境检验检疫局是主管出入境卫生检疫、动植物检疫和商品检验的行政执法机构。其主要职责任务是：
（１）研究拟定有关出入境卫生检疫、动植物检疫及进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，督促检查出入境检验检疫机构贯彻执行。
（２）组织实施出入境检验检疫、鉴定和监督管理；负责国家实行进口许可制度的民用商品入境验证管理；组织进出口商品检验检疫的前期监督和后续管理。
（３）组织实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督；组织实施出入境动植物检疫和监督管理；负责进出口食品卫生、质量的检验、监督和管理工作。
（４）组织实施进出口商品法定检验；组织管理进出口商品鉴定和外商投资财产鉴定；审查批准法定检验商品的免验和组织办理复验。
（５）组织对进出口食品及其生产单位的卫生７７１１第二十五章　出入境检验检疫基础知识注册登记及对外注册管理；管理出入境检验检疫标志、进口安全质量许可、出口质量许可并负责监督检查；管理和组织实施与进出口有关的质量认证认可工作。
（６）负责涉外检验检疫和鉴定机构（含中外合资、合作的检验、鉴定机构）的审核认可并依法进行监督。
（７）负责商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证管理。
（８）负责管理出入境检验检疫业务的统计工作和国外疫情的收集、分析、整理，提供信息指导和咨询服务。
（９）拟定出入境检验检疫科技发展规划；组织有关科研和技术引进工作；收集和提供检验检疫技术情报。
（１０）垂直管理出入境检验检疫机构。
（１１）开展有关的国际合作与技术交流，按规定承担技术性贸易壁垒和检疫协议的实施工作，执行有关协议。